生物安全柜領域執(zhí)行的最重要的標準是歐洲標準EN12469和美國國家衛(wèi)生基金會的第49號標準。按此標準可將生物安全柜分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級。

按照美國1992年版NSF49標準，生物安全等級1級（P1）的媒質是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級（P2）的媒質是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級（P3）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；生物安全等級4級（P4）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，感染后不可治愈。

Ⅰ級生物安全柜是指用于保護操作人員與環(huán)境安全、而不保護樣品安全的通風安全柜。適用于對處理樣品安全性無要求且生物危險度等級為1、2、3的媒質的操作。因為不考慮處理樣品是否會被進入柜內的空氣污染，故對進入柜內的空氣潔凈度要求不高；空氣的流動為單向、非循環(huán)式，空氣流經HEPA過濾器后進入柜內，通過工作臺面后又被過濾、經排氣口排出；為了保護操作人員安全和保護環(huán)境，其向內的非循環(huán)吸入氣流必須遠離操作者；安全柜中的氣體在外排到大氣以前必須先經過HEPA過濾器過濾。

Ⅱ級生物安全柜是指用于保護操作人員、處理樣品安全與環(huán)境安全的通風安全柜，柜內保持負壓狀態(tài)，適用于生物危險度等級為1、2、3的媒質的操作。

Ⅱ級生物安全柜為臨床生物防護中應用最普遍的一類生物安全柜。臨床中處理高濃度或大容量感染性材料時，以Ⅱ級生物安全柜應用最多。按照美國NSF49標準，一般將Ⅱ級生物安全柜劃分為A1、A2、B1、B2四個類型。
Ⅲ級生物安全柜是完全密閉、不漏氣結構的通風安全柜，適用于生物危險度等級為1、2、3和4的媒質的操作。工作空間內為經HEPA過濾器凈化的無渦流的單向流空氣。進入氣流經數個HEPA過濾器過濾后送入安全柜，排出氣流應經雙層HEPA過濾器過濾或通過HEPA過濾器過濾和焚燒來處理。